交通运输部规划研究院为交通运输部直属事业单位（正局级），于1998年3月成立，由原交通部公路规划设计院和原交通部水运规划设计院中从事规划工作的部门成建制合并组成。建院10多年来，规划院承担完成了交通发展规划研究、战略研究及政策研究，公路、水路、支持系统建设项目前期及后评价，规划项目环境影响评价，交通行业规划理论方法研究，交通量调查及预测，交通规划数据库建设及维护，交通工程建设项目咨询、预、工可研究，工程设计与工程咨询等1000多项。完成交通基础设施重点建设项目预、工可项目代交通运输部审查（核）及代国家发展改革委评估咨询1500多项。完成了大量临时性、应急性的任务。由规划院编制、经国务院常务会议通过的《国家高速公路网规划》、《农村公路建设规划》、《长江三角洲、珠江三角洲、渤海湾三区域沿海港口建设规划》、《全国沿海港口布局规划》、《全国内河航道与港口布局规划》、《国家水上安全和救助系统建设规划》等6个国家级规划，以及长三角、泛珠三角、东北老工业基地、中部崛起、京津冀暨环渤海等区域交通发展规划，上述规划构成了覆盖国家高速公路、农村公路、沿海港口、内河航道与港口、水上安全监管和救助等较为完整的交通运输中长远发展规划体系，为交通运输行业全面、协调和可持续发展提供了强有力的支撑。